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La sezione di studio di Archeologia si è costituita nel 2000 su iniziativa dell'Arch. Fabio Piuzzi, che l'ha diretta per molti anni, organizzando sia corsi di base sulla metodologia che campagne di scavo (castello della Motta di Savorgnano, San Nicolò  degli Alzeri a Piano d'Arta, chiesa di san Giusto a Premariacco ecc.). Negli anni la sezione si è sempre più orientata agli studi sull'antropologia e sull'archeologia funeraria.
Attualmente la sezione di Archeologia è diretta dal dott. Dario Innocenti.

La sezione di Bioarcheologia, che si avvale di un Laboratorio di Osteoarcheologia e di numerose collaborazioni a livello nazionale e internazionale, è nata nel 2005 e ha al suo attivo numerose campagne di scavo (Chiesa di san Giovanni dei Cavalieri a Prata di Pordenone, Necropoli di età longobarda di Romans d'Isonzo, sepolture altomedievali della chiesa di Dolnje Cerovo (SLO), necropoli di Beram (HR), ecc.) oltreché partecipazioni a convegni internazionali e pubblicazioni su riviste scientifiche. La sezione è diretta dal Dr. Fabio Cavalli.